De acordo com a lei de criação dos institutos federais, Lei nº 11.892, de 29 de dezembro de 2008, o IFCE tem como um dos seus objetivos, ministrar em nível de educação superior, cursos de pós-graduação lato sensu de aperfeiçoamento e especialização, visando à formação de especialistas nas diferentes áreas do conhecimento e cursos de pós-graduação stricto sensu de mestrado e doutorado, que contribuam para promover o estabelecimento de bases sólidas em educação, ciência e tecnologia, com vistas no processo de geração e inovação tecnológica. Além da oferta cursos de pós-graduação, o IFCE incentiva a capacitação de servidores nesse nível de ensino, objetivo previsto em seu Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI).