A Pró-Reitoria de Administração e Planejamento é o órgão responsável pelas políticas administrativas e de planejamento do IFCE, bem como pela coordenação e pelo acompanhamento, nos diversos campi, das atividades de planejamento, orçamento, modernização administrativa, manutenção predial e de equipamentos, controle patrimonial, arquivo, contabilidade e finanças.

Criado em março de 2013, esse órgão administrativo, integrante da administração superior desta autarquia federal, acumula as competências da antiga Pró-Reitoria de Desenvolvimento Institucional, unificando, portanto, as áreas meio que dão suporte ao ensino, à pesquisa e à extensão.

Entre suas ações, estão supervisionar as atividades de desenvolvimento dos planos de ação anuais e estatísticas da instituição, propor políticas e projetos estratégicos de atuação visando ao desenvolvimento institucional, supervisionar as políticas estabelecidas de administração de materiais e de infraestrutura física dos campi, supervisionar a elaboração do relatório de gestão anual do IFCE.